بر اساس اظهارات منابع محلی و گزارش‌های رسانه‌ای، در نزدیک به چهار سال گذشته ده‌ها عالم دین توسط نیروهای استخبارات طالبان در ولایت‌های مختلف کشور، به ویژه کابل، هرات، بلخ، بدخشان و قندهار بازداشت شده‌اند. علت بیشتر این بازداشت‌ها، بیان دیدگاه و برداشت متفاوت از قراأت طالبان از دین بوده است. بسیاری از این بازداشت‌شدگان بدون حکم قضایی و در مکان‌های نامعلوم نگهداری می‌شوند و برخی از آن‌ها پس از چندین هفته یا ماه بازجویی، دوباره آزاد می‌شوند، اما درباره عملکردهای نادرست طالبان سکوت اختیار می‌کنند و از سرگذشت‌شان به رسانه‌ها چیزی نمی‌گویند. تنها در جریان هشت روز گذشته، طالبان سه عالم دین، از جمله قاری سراج‌الدین و مولوی عبدالقادر قانت را از کابل، و مولوی بشیراحمد حنفی را از ولایت هلمند بازداشت کرده‌اند. به گفته‌ی منابع محلی، این بازداشت‌ها به صورت ناگهانی، بدون اطلاع قبلی و همراه با رفتارهای خشونت‌آمیز صورت گرفته‌اند. آگاهان امور سیاسی و پژوهشگران مسایل دینی بر این باورند که طالبان در برابر هر نوع تفسیر دینی متفاوت از برداشت خود، رویکردی امنیتی و سرکوب‌گرانه اتخاذ کرده‌اند.

احمد اقبال رحمتی، عالم دین و پژوهشگر مسایل اسلامی، بر این باور است که مشکل اصلی طالبان، ناتوانی در پذیرش گفت‌وگوی دینی است. او می‌گوید که طالبان دین را نه به مثابه یک نظام اخلاقی و عقلانی؛ بلکه به عنوان ابزاری برای اعمال سلطه و تحمیل قدرت به کار می‌برند؛ به همین دلیل مخالفان خود، حتی آنانی که روایت درست از دین را ارایه می‌دهند، را سرکوب می‌کنند.

رحمتی تأکید می‌کند که در سنت اسلامی، اجتهاد، تنوع دیدگاه و اختلاف نظر، بخش جدایی‌ناپذیر از رشد فکری و دینی جامعه بوده است، اما طالبان با نادیده گرفتن این مبانی، تنها یک قراأت انحصاری و غیرقابل نقد را مشروع می‌دانند. به باور او، سرکوب علما و منتقدان دینی از سوی طالبان، نشان‌دهنده‌ی ترس آنان از مواجهه با استدلال و منطق دینی است. رحمتی می‌افزاید: «اگر طالبان به راستی به دین باور داشته باشند، باید از مناظره علمی با علما استقبال کنند، نه اینکه آنان را زندانی، تهدید یا حذف کنند. تنگ‌نظری فکری، نشانه‌ی ضعف درونی یک نظام دینی است، نه قدرت آن.»

آگاهان مسایل سیاسی نیز می‌گویند که طالبان، که خود را به عنوان نماینده‌ی دین اسلام معرفی می‌کند، هرگونه تفسیر دینی که با قراأت خاص آنان از شریعت مغایرت داشته باشد را «بدعت» یا «تبلیغ علیه امارت خود» می‌دانند. به همین دلیل، شماری از عالمان دینی که دیدگاه‌های میانه‌رو، عدالت‌محور یا نقدآمیز نسبت به سیاست‌های طالبان ابراز داشته‌اند، مورد هدف قرار گرفته‌اند.

آگاهان سیاسی بر این باورند که طالبان به شدت در پی سرکوب مخالفان‌شان هستند و در این راستا، با عالمان دین نیز تعامل ندارند؛ اما به گفته‌ی آنان، طالبان با عالمان دینی که مطابق ایدیولوژی آنان صحبت می‌کنند و قراأت تندروانه از مقررات دینی دارند، هیچ مخالفتی ندارند.

نثار احمد شیرزی، آگاه مسایل سیاسی، می‌گوید که طالبان نه به منافع مردم افغانستان؛ بلکه به مأموریت‌هایی عمل می‌کنند که از سوی استخبارات کشورهای بیرونی برای‌شان تعیین شده است. به باور او، این گروه در چارچوب یک نقشه‌ی مشخص عمل می‌کند که هدف آن نه تأمین عدالت دینی؛ بلکه خاموش‌سازی صدای مردم، به ویژه نخبگان فکری و دینی است.

آقای شیرزی می‌افزاید: «طالبان با استفاده از نام دین و شریعت، شعارهای اسلامی سر می‌دهند، اما در عمل، از دین سوءاستفاده می‌کنند. علمای دین که از حقیقت آگاه‌اند و می‌دانند این شعارها خلاف اصول اسلامی است، در مواردی واکنش نشان می‌دهند، اما طالبان حتی بر آنان رحم نمی‌کنند و صدایشان را نیز خاموش می‌سازند.» او تأکید می‌کند که برای طالبان، مخالفت با ایدیولوژی‌شان، فارغ از این‌که از سوی عالم دینی باشد یا شهروند عادی، یک جرم پنداشته می‌شود و با آن برخورد می‌کنند.

همچنان غلام‌فاروق علیم، آگاه مسایل سیاسی و استاد دانشگاه نیز در صحبت با افغانستان آینده، می‌گوید: «طالبان هر صدایی را که از سوی عالمان دین بلند می‌شود و حقیقت را بیان می‌کند، به ویژه در مورد ممنوعیت آموزش و کار زنان، در گلو خفه می‌کنند. هدف این است که دیگران جرأت نکنند قراأت متفاوتی از ایدیولوژی طالبان ارایه دهند و واقعیت‌ها را با مردم در میان بگذارند. این صداها اگر باقی بمانند، آشکار می‌سازند که قراأت طالبان نه‌تنها اسلامی نیست؛ بلکه در تضاد آشکار با شریعت است.» به گفته‌ی غلام‌فاروق علیم، طالبان نه از موضع دینی؛ بلکه از منظر حفظ قدرت و بقای ایدیولوژی بسته‌ی خود با منتقدان، حتی اگر از علما باشند، برخورد می‌کنند.

این درحالی است که شماری از عالمان دین که برداشت یکسانی با طالبان از دین دارند، در موارد مختلف آزادانه صحبت می‌کنند و حتی از عملکردهای این گروه انتقاد می‌کنند، اما بازداشت نمی‌شوند. به عنوان نمونه، مولوی یحیی عنابی، عالم دین و از اهالی ولایت پنجشیر، بارها به گونه‌ی علنی از طالبان انتقاد کرده و خواستار رویکرد خشن‌تر طالبان در برابر شهروندان، به ویژه افرادی که نماز را با جماعت ادا نمی‌کنند، شده است. طالبان اما از این عالم دین حمایت کرده و انتقادهای او را نادیده گرفته‌اند.

با این وصف، بازداشت و شکنجه‌ی عالمان دینی منتقد، نشانگر تلاش سازمان‌یافته‌ی طالبان برای تحمیل یک‌دست‌سازی فکری و سرکوب تنوع دیدگاه‌های دینی در افغانستان است. آگاهان سیاسی هشدار می‌دهند که این رویکرد، زنگ خطری برای آینده‌ی آزادی دینی و فکری در کشور محسوب می‌شود.